Trước đó, theo báo cáo của UBND TP.HCM, việc triển khai dự án phát sinh nhiều khó khăn, đặc biệt việc đầu tư mở rộng cảng Bến Nghé không phù hợp với các quy hoạch đã được phê duyệt. Đối với kiến nghị của TP.HCM xin phép được điều chỉnh quy hoạch của khu đất cho phù hợp để kêu gọi đầu tư, Bộ Xây dựng yêu cầu phải chờ sự chấp thuận của Thủ tướng, đồng thời UBND TP.HCM khi tiến hành điều chỉnh quy hoạch khu đất phải tuân thủ các quy hoạch đã được phê duyệt. Ngoài ra, đề nghị UBND TP.HCM báo cáo phương hướng giải quyết đối với nguồn vốn ngân sách TP đã sử dụng để bồi thường giải phóng mặt bằng, hỗ trợ tái định cư cho dự án, trình Thủ tướng xem xét, quyết định.

Dự án mở rộng cảng Bến Nghé giai đoạn 3 với mục tiêu nâng công suất xếp dỡ cảng từ 3 triệu tấn hàng hóa/năm lên 4 triệu tấn hàng hóa vào năm 2010. Tuy nhiên, do chậm trễ hơn 10 năm nên tổng đầu tư tăng lên gấp nhiều lần.